تعتبر دار المخطوطات العربية بدار الكتب والوثائق القومية أحد مصادر التميز في قلب «الكتب خانة» المصرية، حيث تضم نحو 60 ألف مخطوط بالعربية والفارسية ولغات أخرى تعد من أقيم المجموعات العالمية وأنفسها بتنوع موضوعاتها وخطوطها المنسوبة ومخطوطاتها المؤرخة أو التي بخطوط مؤلفيها أو بخطوط العلماء، ويعود تاريخ بعضها إلى أكثر من ألف عام.
تتميز دار المخطوطات العربية بوفرة عدد ضخم من المصاحف الشريفة والربعات، وبعضها على الرق، يرجع أقدمها إلى عام 77هـ، وهو مصحف منسوب إلى الإمام الحسن البصري، بالإضافة إلى مجموعة نادرة من المصاحف المملوكية التي أوقفها سلاطين المماليك على مدارسهم التي أنشؤوها بالقاهرة، التي نقلت إلى الدار في نهاية القرن الماضي، وكذلك مجموعة نادرة من المخطوطات الفارسية المزينة بالصور (المنمنمات) وبماء الذهب وبالألوان الزاهية.
واستعادت الدار تحت إشراف وزارة الثقافة المصرية الكثير من المخطوطات، وآخرها في يناير 2019م، حيث استعادت مخطوط «ربعة مصحف قنصوة الغوري»، بعد عرضه للبيع في صالة مزادات بلندن، وهو عبارة عن ربعة قرآنية تعود ملكيتها لقنصوة الغوري، آخر حكام المماليك، قبل دخول العثمانيين مصر، والمخطوط مثبت في سجلات دار الكتب المصرية بتاريخ 1884م، وكان آخر ظهور له بسجلات دار الكتب في نهاية القرن التاسع عشر وبالتحديد في عام 1892م.
وتضم الدار العديد من المخطوطات المقدسية التي أبرزتها في احتفالها بيوم المخطوط العربي لعام 2018م الذي تحتفل به سنوياً بشهر أبريل، في إطار اهتمامها بالتراث المكتوب وسعيها لتنسيق الجهود مع كل المؤسسات التي تقتني وتعنى بالمخطوط العربي؛ حفظاً وتحقيقاً وترميماً.
وكان رصيد دار الكتب من المخطوطات حتى أول أبريل 1916م نحو 19 ألف مخطوط، من بينها 3458 مخطوطاً يرمز لها في الفهارس بالرمز «م»، ومنها 2473 مخطوطاً عربياً، و650 مخطوطاً تركياً، و335 مخطوطاً فارسياً، و345 مخطوطاً موقوفة أضيفت إلى رصيد الدار عام 1322هـ/ 1904م، ويرمز لها في فهارس الدار بالرمز «ش»، بالإضافة إلى 189 مصحفاً (منها 27 بالقلم الكوفي على رق غزال)، ومخطوطات علي باشا التي أضيفت إلى الدار عام 1895م بعد سنتين من وفاته.
وابتداء من عام 1929م، أضيف إلى رصيد الدار، بحسب الموقع الرسمي لدار الكتب المصرية، مكتبات غنية أثرت رصيد الدار من المخطوطات، وضاعفت حجم مخطوطاتها، وهي: مكتبة قولة التي أنشأها محمد علي باشا بمدينة قولة مسقط رأسه، وأضيفت إلى دار الكتب عام 1929م، وكلها مخطوطات، وعدد مجلداتها 3440 مجلداً، ومكتبة الأمير إبراهيم حليم، وعدد مخطوطاتها 641 مجلداً، ومكتبة خليل أغا، وعدد مخطوطاتها 686 مجلداً، ومكتبة الإمام الشيخ محمد عبده، وعدد مخطوطاتها 108 مجلدات.
وساهمت في إثراء الدار كل من مكتبة أحمد طلعت بك المتوفى عام 1346هـ/ 1927م، وعدد مخطوطاتها 9549 مجلداً، والمكتبة التيمورية التي جمعها أحمد تيمور باشا وضمت إلى الدار بعد وفاته عام 1348هـ/ 1930م، وعدد مخطوطاتها 8673 مجلداً، والمكتبة الزكية التي جمعها أحمد زكي باشا ووقفها في حياته على قبة السلطان الغوري بالغورية، ثم نقلت إلى دار الكتب المصرية عام 1935م، وعدد مخطوطاتها 1482 مجلداً، ومكتبة أحمد الحسيني، وعدد مخطوطاتها 245 مجلداً، بجانب مكتبات: وجيه العمري، والشيخ عمر مكرم، والشيخ أحمد أبو خطوة، وعلي جلال الحسيني، التي أدمجت في الرصيد العام للدار.
وأصدرت دار المخطوطات عام 1989م دليلاً يعرف بالمصاحف والمخطوطات العربية والفارسية وأدوات الكتابة وأوائل المطبوعات المعروضة بمعرض دار الكتب، وينظم القانون المصري رقم (8 لسنة 2009) إجراءات حماية تلك المخطوطات.